sommarju
Isseħħ ftit snin wara l-ewwel manga Ghost In The Shell. Il-Maġġur ilu nieqes minn dakinhar, u Ghost in the Shell 2 isegwi lill-misterjuż Motoko Aramaki waqt li tmexxi investigazzjoni dwar inċident f'fabbrika tal-organi u l-konsegwenzi tiegħu. Hija fuq il-ġirja biex tnaddaf il-mess u ssalva ruħha fil-proċess. Sadanittant, l-eks membri tat-taqsima 9 jinvestigaw lil Motoko biex issir taf min hi verament.