sommarju
12.000 sena wara l-avvenimenti ta 'Sousei no Aquarion, l-umanità hija mhedda minn għadu ġdid minn dimensjoni oħra bit-tikketta "Abductors", li bħad-Shadow Angels, jinvadu l-ibliet umani biex jaħtfu l-abitanti tagħha. Biex tiddefendi l-umanità minn din l-invażjoni, l-organizzazzjoni Neo-DEAVA tistabbilixxi żewġ timijiet, wieħed magħmul minn irġiel biss u ieħor minn nisa biss, kull wieħed mill-piloti tal-magni ġganti tagħhom imsejħa "Aquaria". Biex jipproteġi lill-ħabib il-ġdid tiegħu Mikono, l-adolexxenti Amata Sora ddeċidiet li tuża l-poteri li żammet sigrieti tul ħajtu kollha u billi kkombinat Vectors ma 'piloti rġiel u nisa f'wieħed robot wieħed, il-ġgant leġġendarju Aquarion jerġa' jitwieled.